В соответствии с Законом "О Счетной палате" Счетная палата "вправе поддерживать связь со счетными и контрольными палатами и органами государственного контроля иностранных государств и их международными объединениями, заключать с ними соглашения о сотрудничестве". 

На 39 Заседании Правления Международной организации высших контрольных органов (INTOSAI) - членов ООН, которое состоялось 17 октября 1994 года в г. Каире, Египет Контрольная палата Кыргызской Республики была принята в указанную организацию, правопреемницей которой ныне является Счетная палата. 

В настоящее время действуют семь рабочих групп INTOSAI, членом одной из которых - Азиатской организации высших контрольных органов (ASOSAI) является Счетная палата Кыргызской Республики c 1995 года. 

Счетная палата Кыргызской Республики является официальным членом Международной организации высших аудиторских учреждений, объединяющих страны ECO (экономического сотрудничества) - ECOSAI с 1998 года.

Положено начало многостороннему сотрудничеству высших органов финансового контроля государств-участников Содружества Независимых Государств, которые создали Совет руководителей высших органов финансового контроля государств-участников СНГ.

Кроме того, подписаны соглашения о сотрудничестве на двустороннем уровне со Счетной палатой Российской Федерации, со Счетным комитетом по контролю за исполнением республиканского бюджета Республики Казахстан,  Контрольной палатой Грузии и Государственным бюро по аудиту Королевства Кувейт.